Однопрестольный каменный храм в честь Богоявления Господня в селе Исаково был построен в 1799 году исключительно на средства прихожан. Село было монастырским, а затем казенным, и крупных благотворителей в нем не проживало. Колокольню возвели в 1825 году. Ее строительство организовал священник Федор Иванов. Приделы построили в конце 70-х годов XIX века. Правый придел освятили в честь Покрова Пресвятой Богородицы, левый — во имя святого Пророка Илии. В 1905 году Покровский придел обновили. Средства на строительство приделов выделил казанский купец П. Л. Прибытков.
Храмовое здание сочетает в себе элементы разных стилей, что объясняется разновременностью построек. Храм построен в стиле барокко; двухъярусная, квадратная в плане колокольня — в стиле классицизма. Из-за приделов, построенных в XIX веке, храм выглядит несколько эклектично.
После многих десятилетий запустения благодаря стараниям иерея Анатолия Григорьева, прихожан, благотворителей и трудников храм вновь обрёл достойный внешний облик.
Иерей Анатолий Григорьев погиб 9 сентября 2022 года в зоне специальной операции Вооружённых сил Российской Федерации на Украине при исполнении пастырских обязанностей по духовному окормлению военнослужащих татарстанского батальона «Алга».