Ученик преподобного Александра Свирского. Сподобился быть свидетелем благодатного посещения его учителя Пресвятой Девой Богородицей. Преподобный Афанасий начал свои иноческие подвиги на Валааме, а затем в Свирском монастыре.
После кончины своего наставника святой ушел для пустынножительства в дремучие леса Карелии, где на озере Сяндеме основал обитель. Вследствие клеветы на него местных жителей преподобный Афанасий переселился обратно в Свирский монастырь, где был избран игуменом, но в 1577 г. снова вернулся на озеро Сяндем.
Много потрудился преподобный и в духовном устройстве обители. Последние годы своей жизни святой провел в уединении на одном из островов озера. Скончался преподобный Афанасий в глубокой старости, и над могилой его была сооружена церковь во имя святителей Кирилла и Афанасия Александрийских, сгоревшая во время пожара в 1720 г. При постройке новой церкви были обретены нетленные мощи святителя Афанасия.
