Казанский Богородицкий монастырь был построен по указу царя Ивана Грозного. Обитель возвели на том самом месте, где в 1579 году произошло обретение чудотворного образа Божией Матери. Святыню нашла на пепелище после городского пожара десятилетняя Матрона, дочь стрельца Даниила Онучина. По преданию, эта девочка стала первой монахиней Богородицкого монастыря, а позднее — его настоятельницей.
Все строения в обители изначально были деревянными. Но уже в 1594 году на монастырской территории появился первый каменный храм, посвящённый явлению Казанской иконы Божией Матери. К концу восемнадцатого века эта церковь обветшала. На её месте по проекту известного зодчего Ивана Старова построили великолепный собор в классическом стиле. Это был пятикупольный исполин, украшенный с трёх сторон колоннадой с фронтонами. Два с лишним столетия под его сводами хранилась величайшая святыня — образ Богородицы, прославленный чудотворениями.
Девятнадцатый век стал для Богородицкого монастыря благодатной эпохой торжества православной веры. К чудотворному образу приезжали тысячи паломников со всей России. На пожертвования богомольцев в обители возвели архитектурный комплекс, которому не было равных в Поволжье по красоте и размаху. Так, в 1816 году к северу от центрального собора появился Никольский храм. С южной стороны спустя некоторое время построили Крестовоздвиженскую церковь. Оба этих здания соответствовали традициям классицизма. Вместе с Казанским собором они образовали единый ансамбль. Его украшала колокольня высотой в пятьдесят пять метров.
Двадцатое столетие принесло испытания Богородицкой обители, как и всей Русской Православной Церкви. После революции 1917 года монастырь был упразднен. Казанский собор какое-то время ещё действовал, как приходской. В 1931 году общину перевели в городской Петропавловский храм. Вскоре после этого церковь, посвящённая чудотворной Казанской иконе, была разрушена вместе с большей частью монастырского ансамбля.
В двадцать первом веке Богородицкая обитель получила вторую жизнь. В 2005 году монастырю возвратили чудом уцелевший Крестовоздвиженский храм. А 4 ноября 2015 года президент Татарстана Рустам Минниханов подписал указ «О Воссоздании Казанского собора Божией Матери». Сбор пожертвований и организацию строительных работ взял на себя фонд «Возрождение» под руководством первого президента Татарстана Минтимера Шаймиева. За пять лет собор был построен в соответствии с первоначальным обликом. Возвращение из небытия исторически значимого храма стало событием всероссийского масштаба.