Всегда хорошо, когда человек плачет в храме Божием. Это есть слезы покаяния, слезы радости от благодати, что там присутствует. Поэтому не надо смущаться, но надлежит приходить каяться, молиться, исповедоваться, причащаться, жить полноценной церковной жизнью. Помоги Вам Бог!